猪育种相关数据

数据集1

表型及系谱：来自中国内蒙古猪场的3个纯种猪的数据。数据集中有1518头杜洛克（DD），1702头长白猪（LL）和4789头大白猪（YY）猪具有SNP基因型。所有猪均在2014 - 2020年间出生，包含对应的系谱。性状为达100kg日龄和达100kg背膘厚两个生长性状。表型数据收集和处理细节在附录A中解释。

基因型：所有猪使用CAU50k芯片进行基因分型，该芯片由整个基因组中的43832个SNP组成。

数据链接：

https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23507334.v1

https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23507343.v1

https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23507352.v1

文章引用:

Mao, R.; Zhou, L.; Wang, Z.; Wu, J.; Liu, J. A Comprehensive Strategy Combining Feature Selection and Local Optimization Algorithm to Optimize the Design of Low-Density Chip for Genomic Selection. Agriculture 2023, 13, 614. https://doi.org/10.3390/agriculture13030614

数据集2

表型及系谱：数据是从内蒙古的一家养猪场收集的。该数据集包含52789头大白猪的系谱，其中27341头至少具有一个性状。有26204头具有生长性状的动物和6656头具有繁殖性状的动物（21680条记录），其中5519头母猪同时具有生长和繁殖表型。所有动物都出生于2013年至2020年。

生长性状包括达100kg日龄和达100kg背膘厚，繁殖性状包括总产仔数和产活仔数。

基因型：所有猪使用CAU-50K芯片进行基因分型，该芯片由整个基因组中的43832个SNP组成。

数据链接：https://doi.org/10.25387/g3.17207063

文章引用:

Yu Zhang and others, Estimate of inbreeding depression on growth and reproductive traits in a Large White pig population, G3 Genes|Genomes|Genetics, Volume 12, Issue 7, July 2022, jkac118, https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac118

数据集3

表型：来自中国三个国家级生猪核心育种场的3584头大白纯种猪。性状为达100kg日龄和达100kg背膘厚两个生长性状。其中3572头猪有基因型数据。

基因型：所有猪使用CAU-50K芯片进行基因分型，该芯片由整个基因组中的43832个SNP组成。

数据链接：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.13324529.v1

文章引用：

Yang, W., Wu, J., Yu, J., Zheng, X., Kang, H., Wang, Z., . . . Liu, J. (2021). A genome-wide association study reveals additive and dominance effects on growth and fatness traits in large white pigs. Animal Genetics, 52(5), 749-753, https://doi.org/10.1111/age.13131